Powstała w 1985 roku w Krakowie w okresie walki o wolność podziemnej Solidarności, jako prywatna, niezależna instytucja kultury. Wystawy odbywały się na strychu prywatnej posesji, nad drzwiami wisiał stary zderzak samochodowy. Galeria działała poza cenzurą, w opozycji zarówno do oficjalnego obiegu sztuki kontrolowanego przez ówczesny reżim komunistyczny jak i drugiego obiegu firmowanego przez kościół katolicki. Znakami niezależnej postawy galerii są jej nazwa oraz logo. Od roku 1989 Zderzak jest galerią handlową, której właścicielką jest Marta Tarabuła.